L’any 1059 (segle XI) apareix per primer cop, i de manera documentada, una referència a l'existència d'un hospital a La Seu d'Urgell, formant part d'un conjunt de construccions a l'entorn de la Catedral, construïda per Sant Ermengol.

A partir del segle XII el responsable de l'hospital va ser un eclesiàstic. La construcció de la Catedral, impulsada per Sant Ot, suggereix un canvi en la ubicació d'aquest primer hospital.

En el segle XIII es troben indicis de l'existència de dos hospitals a la ciutat. L’un, l’Hospital de pobres, hereu directe de l'hospital primitiu, era gestionat per homes de l'església. L’altre, l'Hospital dels prohoms, era gestionat i finançat per la classe burgesa i, amb el temps, va passar a anomenar-se de la vila.

Durant el segle XIV, gairebé desapareix de la documentació qualsevol menció a l'hospital dels clergues. Des del 12 de juny de 1348, la població va patir la pesta bubònica i en dos mesos moriren la tercera part dels habitants de La Seu. En aquella època, a la ciutat hi havia un metge, tres cirurgians, dos apotecaris i un barber.

A partir del segle XV es poden conèixer millor les interioritats de l'Hospital gràcies als llibres d'actes del consolat (antic règim municipal), ja que l'Hospital de la vila segueix un model mixt de gestió i és dirigit entre el capítol de canonges i els consols de la ciutat. A la meitat d'aquest segle l'Hospital es feia petit i es va començar la construcció d'un altre hospital, al costat de l’església de Santa Eulalia.

Fins aleshores els representants de la ciutat celebraven els seus consells al claustre de la Catedral. El nou Hospital ocupava una planta de l'edifici de la Casa de la Ciutat. Les dues institucions van coexistir fins al segle XVIII.

A l'inici de la construcció del nou Hospital es nomenaren uns procuradors amb la missió de recaptar diners. L’Hospital es finançava a través dels censals, instruments de crèdit dissimulats, de caràcter hipotecari, que servien per evitar el préstec usurer. L’Hospital tenia, als inicis del segle XVI, un censal amb l'Hospital de la Santa Creu de Barcelona i un altre amb l'Hospital de Solsona. Una altra via de finançament era la caritat pública. L’Ajuntament nomenava un baciner que, amb el permís eclesiàstic corresponent, captava davant de la Catedral per eixugar el dèficit crònic de l’Hospital. l la tercera via era la de les deixes testamentàries.

La nit de Carnestoltes de l'any 1561 l'Hospital va patir un incendi de grans proporcions. Un any després, tornava a funcionar a ple rendiment.

A finals del segle XVI, La Seu es va convertir en una plaça forta i això va comportar l'afluència massiva de soldats, la qual cosa interferia en el tarannà de l'Hospital. La situació era cada vegada més greu, fins a l'extrem que es portaven dues comptabilitats separades. Després de molts intents, a mitjans del segle XVIII, els militars ordenaren el desallotjament de l'Hospital i van fer dur els malalts civils a una altra banda. Fos com fos, hi va haver Hospital militar fins al segle XIX. A la meitat del segle XVIII, l'Hospital es trasllada a l'edifici on fins aleshores hi havia la Casa deis lnfants Orfes. Estava format per una sala, sis habitacions amb dos llits, una cambra per als peregrins, guarda-roba, cuina i despatx per a l'administrador, amb l'arxiu. A finals d'aquest segle es varen fer obres importants a l'Hospital vell (una planta a la Casa de la Ciutat) i en un Hospital nou que, acabada la Guerra del Francès, i sense la presència massiva de soldats, es va tancar.

A causa de la desamortització de Mendizàbal, els frares agustins van abandonar el seu convent. L’Ajuntament va demanar la cessió de l'edifici per convertir-lo en hospital. La Junta gestora va proposar que les infermeres fossin monges professes i així fou com, a proposta del bisbe, va arribar a La Seu la mare Janer, a mitjans del segle XIX.

Així, després de vuit segles de constant mobilitat en el seu emplaçament, l'Hospital troba la seva actual i definitiva ubicació.

A les darreries del segle XX, i impulsat per la celebració dels Jocs de la XXVa Olimpíada de l'era moderna a Barcelona (1992), i la nominació de La Seu com a Subseu Olímpica en les proves de canoa-caiac, l'Hospital viu de nou una gran transformació que el situa en el seu estat actual.